სკოლამდელი და ზოგადი განათლების განვითარების დეპარტამენტი
ეკონომიკური დეპარტამენტი
პარალელურად ასრულებს საპარლამენტო მდივნის ფუნქციებს
საერთაშორისო ურთიერთობებისა და სტრატეგიული განვითარების დეპარტამენტი
სსიპ - საგანმანათლებლო კვლევების ეროვნული ცენტრი
შიდა აუდიტის დეპარტამენტი
იურიდიული დეპარტამენტი
პროფესიული განათლების განვითარების დეპარტამენტი
უმაღლესი განათლების განვითარების დეპარტამენტი
ადმინისტრაცია (დეპარტამენტი)
მეცნიერების განვითარების დეპარტამენტი
ახალგაზრდობის საქმეთა დეპარტამენტი
სსიპ საქართველოს სოფლის მეურნეობის მეცნიერებათა აკადემია
ა(ა)იპ პროფესიული უნარების სააგენტო
სამინისტროს სისტემაში შემავალი პროფესიული საგანმანათლებლო დაწესებულებები
სამინისტროს სისტემაში შემავალი უმაღლეს საგანმანათლებლო დაწესებულებები
სამინისტროს სისტემაში შემავალი სამეცნიერო - კვლევით დაწესებულებები
