შიდა აუდიტის დეპარტამენტი ადგენს და აფასებს სამინისტროს წინაშე არსებულ რისკებს, ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობასა და ეფექტიანობას; მონიტორინგს უწევს საქართველოს კანონმდებლობასთან სამინისტროს სტრუქტურული ქვედანაყოფების, ტერიტორიული ორგანოების, სამინისტროს სისტემაში შემავალი საჯარო სამართლის იურიდიული პირების, სამინისტროს წარდგინებით საქართველოს მთავრობის მიერ დაფუძნებული სამეცნიერო-კვლევითი დაწესებულებების, სამინისტროს მიერ დაფუძნებული პროფესიული საგანმანათლებლო და ზოგადსაგანმანათლებლო დაწესებულებების საქმიანობის შესაბამისობას, ასევე, მათ მიერ სამართლებრივი აქტების მოთხოვნათა დაცვას. აფასებს ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სისრულეს, სიზუსტესა და საიმედოობას, ამისათვის ახორციელებს სისტემურ, ფინანსურ, შესაბამისობის, ეფექტიანობისა და ინფორმაციული ტექნოლოგიების აუდიტს;

დეპარტამენტში სტრუქტურული ერთეულების სახით შედის:

• შიდა აუდიტის სამმართველო;
• ინსპექტირების სამმართველო;
• მონიტორინგისა და ანალიზის სამმართველო.